Nel corso del III sec. d.C. l'antico atrio, situato nell'area centrale della villa, viene coperto da una volta a crociera; viene quindi eseguita una nuova pavimentazione in opus sectile, al centro della quale è una vasca rettangolare rivestita di marmo; nello stesso periodo lavori di ristrutturazione vengono realizzati negli ambienti vicini.

La struttura, visibile sul lato N della villa si è rivelata un sepolcro del tipo "a tempietto", costruito agli inizi del III sec. d.C. e destinato evidentemente al proprietario della villa, del quale purtroppo ignoriamo il nome; era costituito da una camera sepolcrale al piano seminterrato, e da un piano rialzato, cui si accedeva mediante una scalinata dal lato opposto. Il sepolcro venne circondato, in epoca costantiniana, da un recinto con nicchie, riutilizzato nel V secolo da una serie di sepolture; in questo stesso periodo si colloca la costruzione di alcuni ambienti adiacenti l'area del sepolcro a tempietto, di grandi dimensioni e con pavimenti in mosaico o in lastre di opus sectile, elementi di lusso che, insieme alle ampie dimensioni degli ambienti, porterebbero ad identificarli come sale di rappresentanza.

A N/E della villa è situato un grande edificio circolare, che si conservava in elevato fino agli inizi di questo secolo. Databile tra la fine del III e gli inizi del IV sec. d.C., era probabilmente un sepolcro tipo mausoleo, conservato oggi quasi a livello di fondazione. Accanto ad esso venne costruito, in epoca più tarda, un altro edificio, sempre di forma circolare, del quale non ci resta che la fondazione, realizzata con materiali di recupero (basoli, marmi, tufi). Forse nello stesso periodo, al mausoleo più antico venne aggiunta, probabilmente al posto di un'originaria nicchia, una vasca di piccole dimensioni, pavimentata con un mosaico colorato con la rappresentazione di un kantharos, forse destinata ad un eventuale culto funerario.

La villa doveva avere un'area a giardino dell'estensione di quasi un ettaro: il limite S appare costituito da un corridoio con le estremità arrotondate (xystus), della lunghezza di circa 150 m., alla cui estremità era un impianto termale ed una terrazza panoramica, che si affacciava sul fosso di Centocelle.
Tutta l'area può essere interpretata come una palestra-ginnasio, dedicata ad attività ginniche e ricreative, sistemata a giardino e decorata con varie opere d'arte, di cui un esempio potrebbe essere l'erma bifronte del II sec. d.C., rinvenuta in una buca di epoca successiva.